首先，優先考慮益生菌 - 菌株的種類(菌株來源、菌株名稱)
益生菌補充品的菌數及菌種再怎麽多，都多不過腸道中的菌種數（百千種）及總菌數（高達上百兆），加上腸道内除好菌與壞菌，大部分都是中間菌，誰强大就靠向誰，因此
→ 菌株的本身的能力才是最主要的關鍵
第二，考慮益生菌 - 菌株的數量(菌數要充足，至少要有100億以上)
選擇強大菌株後，再來看菌株的數量，一般建議選擇含有上百億菌株的益生菌產品，以利對抗環境中種種的考驗。
第三，益生菌 - 是否有多元菌株
菌株和菌株之間會產生協同作用，選擇菌株種類越多的益生菌產品，有助於獲得更廣泛的益生菌效益。菌種與菌株的多元性及菌株的穩定性，更是功效發揮的關鍵
第四，益生菌 - 菌株活性
益生菌的存活力非常重要，
只有存活的菌株才能在腸道中定殖並發揮功效，
存活能力強的菌株需具備以下特質：
v 可耐酸
v 耐膽鹼
v 耐抗生素
v 複製速度快
市售益生菌中，不同品牌會添加不同菌株，每種菌株有其不同功能，消費者可按照自己的需求評估：
| 功效 | 菌株 | |
| 腸道保健 | 嗜酸乳桿菌Lactobacillus acidophilus (LA1063、TYCA06、LA1、NCFM) 乾酪乳桿菌Lactobacillus casei LC122 乾酪乳桿菌Lactobacillus casei CS-773 副乾酪乳桿菌Lactobacillus paracasei LPC12 植物乳桿菌Lactobacillus plantarum( 198、LPL28、23) 羅伊氏乳桿菌Lactobacillus reuteri (DSM 17938、LRH10) 動物雙歧桿菌Bifidobacterium animalis BB-115 比菲德氏菌Bifidobacterium bifidum BB14 雷特氏雙歧桿菌Bifidobacterium lactis (HN019、Bi-07) 長雙歧桿菌Bifidobacterium longum (BLI-02、OLP-01、BG7 、BB563) 嗜熱鏈球菌Streptococcus thermophilus SY-66 短雙歧桿菌Bifidobacterium breve Bv-889 羅伊氏乳桿菌Lactobacillus reuteri LR21 |
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| 調節生理機能 | 新型乳酸菌Pediococcus pentosaceus NB17 雷特氏雙歧桿菌Bifidobacterium lactis A17 短雙歧桿菌Bifidobacterium breve Bv-889 |
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| 改善過敏 | 新型乳酸菌Pediococcus pentosaceus( NB17) 乳酸乳球菌Lactococcus lactis( A17) 副乾酪乳桿菌Lactobacillus paracasei (33、BRAP-01、K47、HB89) 植物乳桿菌Lactobacillus plantarum( 28) 羅伊氏乳桿菌Lactobacillus reuteri( GL-104) 鼠李糖乳桿菌Lactobacillus rhamnosus( GG、CRL1505) 動物雙歧桿菌Bifidobacterium animalis( CP-9) |
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| 提升保護力 | 嗜酸乳桿菌Lactobacillus acidophilus NCFM 鼠李糖乳桿菌Lactobacillus rhamnosus CRL1505 植物乳桿菌Lactobacillus plantarum K37 動物雙歧桿菌Bifidobacterium animalis BB-115 雷特氏雙歧桿菌Bifidobacterium lactis Bb-12 長雙歧桿菌Bifidobacterium longum BL986 |
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| 私密保養 | 乾酪乳桿菌Lactobacillus casei CS-773 副乾酪乳桿菌Lactobacillus paracasei IMC502 羅伊氏乳桿菌Lactobacillus reuteri RC-14 鼠李糖乳桿菌Lactobacillus rhamnosus( GR-1、F-1、CT-53、IMC501) 加氏乳桿菌Lactobacillus gasseri KM97 |
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| 調節體脂肪 | 鼠李糖乳桿菌Lactobacillus rhamnosus BV-77 動物雙歧桿菌Bifidobacterium animalis CP-9 羅伊氏乳桿菌Lactobacillus reuteri GMNL-263 乳酸乳球菌Lactococcus lactis LY-66 |
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| 口腔健康 | 副乾酪乳桿菌Lactobacillus paracasei ET-66 副乾酪乳桿菌Lactobacillus paracasei GL-156 羅伊氏乳桿菌Lactobacillus reuteri ATCC PTA 5289 羅伊氏乳桿菌Lactobacillus reuteri GL-104 鼠李糖乳桿菌Lactobacillus rhamnosus F-1 鼠李糖乳桿菌Lactobacillus rhamnosus CT-53 |
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| 紓壓、改善情緒 | 植物乳桿菌Lactobacillus plantarum PS128 加氏乳桿菌Lactobacillus gasseri C23 乳酸乳球菌Lactococcus lactis LY-66 長雙歧桿菌Bifidobacterium longum OLP-01 副乾酪乳桿菌Lactobacillus paracasei PS23 |
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